主要展館
南館
通史陳列，以“最憶是杭州”為主題，系統地展示了杭州歷史發展、文脈傳承、人文精神的敘事性展覽，以城為主體，以史為脈絡，以人為線索，以“感受杭州”為核心,展覽借助“城、史、人”的結合，塑造了杭州的整體個性，演繹著杭州的故事百態，洋溢著杭州的清新文藝，展現杭州八千年文明史和五千年建城史，集聚杭州城市歷史文化內涵，精心營造文化惠民的亮點。
北館
郵票陳列
杭州博物館收藏有大量世界各國發行的珍稀郵票，郵票因此與杭州的歷史文化結下了不解之緣。歷年來中國郵政發行的杭州題材郵票，提煉了杭州特有的自然、人文主題，是杭州城市的名片。
書畫陳列大屏幕
LED屏展示了杭州西湖的美景。步入展廳可見中國杭州地區明清至民國初年著名書畫家的作品。
文房雅玩陳列
文房書齋，乃雅思神交之地；文房雅玩，是明澈練達的智慧趣味所在，是中國傳統文化的一種體現，也是杭州歷史文化內涵的表現形式之一。文房雅玩一向典雅而華貴，充滿雅逸精致之美，是中國文人的人文精神與藝術品位的象征。以中國文人所倡導的“小器大樣”、“格物致知”的思想為指引，以精美珍貴的文房雅玩為載體，彌合著中國傳統文化中的高貴精神與儒雅品質。文房用具、文房珍玩、金石印章、名家手札、明清家具中可以窺得中國古代生活的時尚與細節，還原文人高仕的風流與蘊藉，將優雅傳統延續帶當下現代生活中，重構杭州經典生活意象。
出土文物精品
在“物華天寶——杭州出土文物精品陳列”中陳列的歷年來杭州考古發掘成果，揭示了飽含歷史底蘊的地下遺跡，展示了值得珍藏的地下文物，讓觀眾在直面歲月長河留下的串串足跡之余，逐漸厘清城市記憶，在古代與當代之間架設起連接的橋梁，供社會公眾品讀、思索，讓杭州的文化遺產得以共享并永續流傳。
機動展廳
該展廳有點七巧板、魔方和電影《盜夢空間》的味道，像可以合攏分開的餐廳包廂，展覽面積達1500平方米，空間可以最大程度地組合、變幻。
館藏文物
綜述
杭州博物館，館藏規模已逾萬件，涵蓋了陶瓷、書畫、善本、碑帖、印譜、玉石、青銅、金銀、印章、竹木牙骨、民俗、錢幣、郵票、書籍等各類文物及資料、標本。庫房建筑和保管設備均達到安全、堅固、適用要求，庫區配備有恒濕恒溫系統對館藏文物的保護。藏品儲存設備包括柜體、排架、囊盒、布套等均嚴格按照藏品保存要求設計并制作。
自史前的跨湖橋文化、良渚文化，到歷史時期的吳越文化、南宋文化、明清文化等，杭州悠久的歷史造就了豐厚的歷史文化遺產，形成了完整的文化發展序列。
鎮館之寶戰國水晶杯，2002年已被國家文物局列入64件（組）首批禁止出國（境）展覽的珍貴文物名錄。杭博其它文物門類的收藏亦頗為可觀。良渚史前文化的玉器；古越國的青銅器；越窯、龍泉窯青瓷；宋代官窯瓷器、花鳥扇面；元代青花觀音像、鮮于樞墓葬出土文房用具；明清玉器、浙派、武林畫派的書畫作品等。
精品
鎏金銀蓋罐
年 代：明代（公元1369年~公元1644年）
尺 寸：通高15.5cm、腹徑17.5cm
來 源：杭州凈慈寺出土
該蓋罐為銀質，帶蓋，鈕為瓶狀，通體并鎏金，裝飾重瓣覆蓮。罐身形似花蕾，塹重瓣仰蓮紋；足向外撇；內環底，外飾一圈覆蓮紋。
銅熏爐
年 代：明代（公元1368年~公元1644年）
尺 寸：通高48.5cm
來 源：杭州市昭慶舊址出土（1944年）
紫銅，方圓形，由蓋、爐身、底座三部分組成。獅形紐蓋，蓋身雕云龍紋，爐耳及四足均由張口的獅首和卷曲的獅舌構成。足底有榫，可與底座銜接。座頂部陰刻云龍紋。
青銅人物燭臺
年 代：明代（公元1368年~公元1644年）
尺 寸：通高64.5cm
來 源：杭州市昭慶舊址出土（1944年）
由插、童子、座組成。童子上身赤裸，佩項飾，背負花口瓶，上插荷葉形燭臺，手呈持物狀。下身著裙，足蹬高靴，立于水紋托起的平臺上，前方左右各立一瑞獸。
青銅劍
年 代：戰國（公元前475年~公元前221年）
尺 寸：通長49.1cm
來 源：余杭區吳山鄉出土
由劍身和劍把兩部分組成，每個部位各有其專名：劍身部分，前端的尖突稱作“鋒”，中央一條凸起的棱稱作“脊”，“脊”兩旁稱“從”，“從”兩面的刃稱為“鍔”，合“脊”與兩“從”稱為“臘”。劍把部分，圓形或扁形的把稱作“莖”，“莖”和“臘”連接處呈凹字形或中間條形物起護手作用的，稱為“格”。
